Née à Montréal en 1961, Jeanne Crépeau a entrepris des études en sciences humaines (histoire/anthropologie), voyagé sac au dos pendant un an, repris des études en arts plastiques, décroché à nouveau, tenté le concours d'entrée en scénographie à l'École nationale de théâtre sans le réussir, milité dans divers groupes écologistes, animé et réalisé des émissions à Radio Centreville, avant de s'inscrire en Communications à l'Université du Québec à Montréal, et de faire du cinéma. Avant même d'avoir son diplôme, elle fait partie des 25 stagiaires choisies par les réalisatrices du Studio D de la production anglaise de l'Office national du film pour suivre une formation de technicienne.

Parallèlement à ses études, elle cosigne la bande sonore du premier court métrage de François Girard, et coréalise un premier court métrage, L'usure (1986), premier western lesbien de l'histoire, qui gagne quelques lauriers - dont un prix d'interprétation pour Marie-Hélène Montpetit. En 1988, ce sera Gerçure qui vaudra à Isabelle Guilbeault un prix d'interprétation. La même année, Jeanne Crépeau regroupe des jeunes cinéastes de différents milieux en une association de production et fonde, avec Manon Briand et Benoît Pilon, Les films de l'autre. En 1989, alors qu'elle termine Le film de Justine, elle est invitée à passer dix-huit mois à Toronto au Centre canadien des hautes études cinématographiques, nouvellement créé par Norman Jewison, où elle réalise Close Relations. En 1990, elle écrit et tourne La tranchée, pour la série Fictions 16/26, coproduit par Radio-Québec, suit un stage de mise en scène de cinéma avec Michel Brault et reçoit une bourse pour écrire son premier long métrage. En 1992, en collaboration avec la troupe Brouhaha Danse, elle réalise Claire et l'obscurité, un film qui dénonce la violence faite aux femmes. En 1993, Crépeau quitte Les films de l'autre et créé sa propre boîte de production : boxfilm. Après avoir participé à une exposition collective à la Galerie Powerhouse en 1990, Jeanne Crépeau propose, en 1994 chez OBORO, une installation vidéo qui prend prétexte du jeu de cartes pour mettre en scène les relations mère-fille. La version monobande deviendra Bridge, diffusé la même année. En 1996, elle gagne le concours Cinéaste recherché du Studio d'animation française de l'ONF et y réalisera La Solitude de Monsieur Turgeon sorti à Cannes en 2001.

Après des années passées à en compléter le financement, son premier long métrage sort en 1998, Revoir Julie. Grâce aux nouvelles possibilités de réseautage rapide par courriel, il fait la tournée d'une trentaine de festivals LGBT dans le monde, dont l'Afrique du sud, et récolte de nombreux prix. À partir de l'an 2000, Jeanne Crépeau passe plus de temps entre la France et le Québec pour des raisons sentimentales. C'est au cours d'un de ces voyages qu'elle tourne, en 2002, une Lettre à Robert Daudelin - suivant modestement le modèle de la Lettre à Freddy Buache de Godard - diffusée pendant la soirée hommage pour le départ à la retraite du directeur de la Cinémathèque québécoise. L'automne suivant, Crépeau entreprend une Maîtrise en cinéma à la Sorbonne nouvelle, et pendant ce séjour parisien, produit et réalise un court métrage par mois, Amalgames, diffusé en premier partie de programme à la Cinémathèque québécoise. À son retour, elle tourne La Beauté du geste, pour faire découvrir les coulisses de cette institution culturelle à l'occasion de son 40e anniversaire.

En 2007, double fruit de son séjour parisien, Crépeau sortira deux longs métrages : Jouer Ponette, essai documentaire autour du film de Jacques Doillon et Suivre Catherine, sorte de journal filmé fictif de son année universitaire.

En 2008, c'est la crise. Le distributeur qui s'était engagé verbalement à prendre en charge le nouveau long-métrage de Jeanne Crépeau se désiste. À quelques semaines du tournage, c'est la catastrophe. Après une production chaotique et compliquée, sans distributeur, La fille de Montréal sort en janvier 2010 dans la semaine la plus froide de l'hiver montréalais et la plus stricte intimité. C'est la dernière production de Jeanne Crépeau.

Depuis 2015, émigrée en France pour vivre à temps plein avec la personne qui partage sa vie depuis 15 ans, elle a travaillé à un projet pédagogique de la Cinémathèque française, et enseigne à l'Institut national de l'audiovisuel.

Films en cours de réalisation : un court métrage d'animation, un essai documentaire, un scénario de fiction politique.