Neil Affleck est né à Montréal en 1953. De 1970 à 1973, il complète une formation en cinéma d'animation à l'École d'Art et du Dessin du Musée des Beaux-Arts de Montréal. Au cours des étés 1972 et 1973, il est stagiaire au département d'animation à l'Office National du Film du Canada. En 1974, grâce à son film Les Mains (Hands, 1973), il remporte le prix Norman McLaren et le Grand Prix du Festival des Films Étudiants Canadiens du Conservatoire d'Art Cinématographique. Le même film lui permet de remporter le prix Golden Praxinoscope lors du New York Animation Festival l'année suivante. Il poursuit ses études préuniversitaires au Cégep Dawson de Montréal et s'inscrit au programme de formation théâtrale qui y est offert en 1976. De 1979 à 1985, il travaille comme acteur professionnel, metteur en scène et technicien de scéne à Montréal et à Toronto. En 1985, il entre à l'École de Cinéma et de Télévision de l'Université de Californie à Los Angeles et y obtient son baccalauréat en 1988. En 1991, son film Sacajawea lui permet de remporter de nombreux prix dont celui de la meilleure animation à des fins éducatives au Los Angeles International Animation Celebration. Il est assistant-réalisateur pour la célèbre série animée du réseau Fox The Simpsons entre 1993 et 1995. Actuellement, il vit et travaille à Los Angeles.