Isabelle Lavigne fait des études en communications à l'UQAM. Elle y réalise son premier documentaire intitulé J.U.I.C.E., couronné par de nombreuses distinctions (prix Norman-McLaren et Grand Prix Kodak Canada au Festival des films étudiants de Montréal). Ensuite, elle réalise au Nunavik les documentaires Drawing a Thought et Sama's graduation. En 2001, elle écrit et réalise le documentaire Le 4125, rue Parthenais (prix Colin Low du meilleur documentaire au Doxa Documentary Festival de Vancouver et nommé «meilleur documentaire de l'année» aux Prix Jutra 2002). En 2007, elle réalise le long métrage documentaire Junior. Ce dernier a reçu le prix du Meilleur documentaire canadien au Festival Hot Doc’s en 2008 ainsi que le Meilleur documentaire (société) au Gala des prix Gémeaux 2009.